Yapılan araştırma ve kazılar sonucunda Alacahöyük’ün Kalkolitik Çağdan günümüze kadar kesintisiz olarak iskâna sahne olan höyükte 4 kültür katı tespit edilmiştir. Kalkolitik, Eski Tunç, Hitit ve Frig dönemlerini kapsayan bu katlar kendi aralarında 15 ayrı mimari tabakaya ayrılmaktadır.
Bunlar;
Kalkolitik Çağ : M.Ö. 4000-3000 ana toprak üzerine 15-9 tabakada,
Eski Tunç Çağı : M.Ö. 3000-2000 8-5 tabakada,
Hitit Çağı : M.Ö. 1800-1200 4-2 tabakada,
Frig Çağı : M.Ö. 750’den itibaren 1. tabakada yer almaktadır.
Kalkolitik Dönemi takip eden ve 4 yapı katı ile temsil edilen Eski Tunç Çağı Alacahöyük’te 13 kral mezarı ile önem kazanmıştır. 5. ve 7. kata ait olduğu ileri sürülen mezarlar şehrin özel bir alanında yer almaktadır. Bunlar biçimleri bakımından Anadolu’nun ve hatta Önasya’nın eşsiz mezar örnekleri olarak nitelenebilir. Mezarlar yetişkin erkek ve kadınlara aittir. Bu mezarlara çocuk ve bebek gömülmemiştir. Ayrıca bu mezarlarda birden fazla gömüye de rastlanmamıştır. Orta Anadolu’daki diğer mezar tiplerinin aksine Alacahöyük’te hem mezarların hem de ölülerin istikametinde bir birlik vardır. Ölü hediyeleri Eski Tunç Çağında Ege ve Önasya’da bilinenlerin en zengini ve çeşitlisidir. Bunların arasında bugüne kadar benzerlerine diğer kültür bölgelerinde rastlanmayan güneş kursları, geyik ve boğa heykelleri, süs eşyaları, kama, kılıç, balta gibi savaş aletleri ile pişmiş toprak, taş, altın, gümüş, tunç, bakır ve elektrondan yapılmış eserler de vardır.
Alacahöyük’ün şu an görülebilir kısmını oluşturan Hitit tabakaları üç yapı katından oluşmaktadır. Bu dönemde, 250 m. çapında daireye yakın şekildeki höyüğün kenarında bir savunma sistemi oluşturulmuş olup, savunma sistemi üzerinde şehre girişi sağlayan iki ana kapının varlığı tespit edilmiştir. Bunlardan biri güneydoğudaki sfenksli kapı, diğeri höyüğün batısındaki kapıdır. Höyük’te olası şehrin dinsel kapısını oluşturan güneydoğudaki sfenksli kapıda, iki sfenks yer almaktadır. İki metreden yüksek olan ve monolit taş lentoları üzerine yontulmuş olan sfenks protomlarında başlar dikkati çekmektedir. Dışarı taşkın şişkin gövdeli sfenksler ayrık ve kısa bacaklar üzerinde durmaktadır. Doğu tarafındaki sfenksin iç yüzünde pençelerinde tavşan taşıyan çift başlı kartal bulunmaktadır.
Sfenksli kapının doğu ve batısında yer alan kulelerin altında bulunan kabartmalar alçak kabartma tekniğiyle işlenmiş, ayrıntılar plastik olarak verilmiştir. Batı kulesi orthostatlarının hemen hemen hepsi tüm bir friz olarak izlenir. Bu kısımda altta kült-libasyon konularının ve üst sırada ise av sahnelerinin betimlendiği görülmektedir. Fırtına tanrısı onuruna kutlanan ve Hitit dini metinlerinden de bilinen bayram törenlerinde başrahip ve rahibesi olan kral ve kraliçe burada boğa karşısında dua pozisyonunda gösterilmiş, bunu izleyen kabartmalarda ise törenin diğer bölümleri betimlenmiştir. Doğu kulesindeki kabartmalarda oturan tanrıça önünde dua eden şahıslar yer almaktadır; bunlar kült törenlerinin devam ettiğini göstermektedirler. Sfenksli kapıdan içeri girip, giriş kompleksini geçtikten sonra sağ tarafta “Mabet-Saray” olarak adlandırılan büyük bir Hitit yapısının temelleri görülmektedir. Bu yapı, çeşitli depo odaları ve diğer komplekslerden oluşmaktadır.
